بررسی آلرژی زایی توالی های ورودی به برنج (oryza sativa l.) با روش های بیوانفورماتیک
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی
- نویسنده محسن شفیعی تهرانی
- استاد راهنما زرین مینوچهر محمدعلی ابراهیمی
- سال انتشار 1393
چکیده
هدف از این پژوهش بررسی آلرژی¬زایی توالی¬های ورودی به برنج با روش¬های بیوانفورماتیک بود. لزوم استفاده از برنج تراریخته به دلیل محدودیت¬های افزایش سطح زیر¬¬کشت برنج، راه کلیدی پاسخ به تقاضای روز ¬افزون غذا در جهان است. از این¬رو ایمنی مصرف برنج تراریخته یکی از ضروریات مهم به ¬¬شمار می¬رود. یکی از مهم¬ترین موارد ایمنی، اطمینان از حساسیت¬زا نبودن (غیر آلرژن بودن) پروتئین¬های جدید در برنج تراریخته است. آنالیز بیوانفورماتیکی جهت ارزیابی حساسیت¬زایی پروتئین¬های جدید در برنج تراریخته برای از بین بردن نگرانی احتمالی در استفاده از این محصول استراتژیک است. برای رسیدن به هدف مذکور در این پژوهش با استفاده از پایگاه¬های اطلاعاتی بیوانفورماتیک، نظیر ncbi و uniprotتعداد 16 توالی ورودی به برنج شناسایی شد، سپس براساس مقررات سازمان¬های بین¬المللیfao/who در سه سطح محاسبه مشابهت توالی کامل، توالی 80 اسید¬آمینه¬ای و توالی 8 اسید¬آمینه¬ای انجام شد و با استفاده از پنج پایگاه داده آلرژن شاملallergen online ، sdap، adfs، allergome و proap این توالی¬ها به جهت مقایسه تشابه توالی¬ها با آلرژن¬های موجود مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. معیار انتخاب پایگاه¬ داده¬ها، به دلیل کامل بودن و به¬ روز بودن و قابلیت¬های تخصصی بیشتر آن¬ها بوده است. طی این پژوهش مشخص شد که پروتئین ap24 در تمام پایگاه¬های داده مشابهت¬های زیادی با آلرژن¬ها دارد و در بررسی اپی¬توپی این پروتئین با نرم¬افزار peptide cutter در برخی نقاط شکستگی حاصل نشد و در بررسی ساختاری با نرم¬افزارهای asa view و discovery studio مشخص شد به دلیل عمقی¬ بودن اسیدهای آمینه شکستگی صورت نگرفت و در سایر توالی¬های پروتئینی یا هیچ مشابهتی وجود نداشت و یا اگر هم وجود داشت توسط هضم آنزیمی به کمک peptide cutterشکسته شدند. نتایج نشان می¬دهد که توالی¬های ورودی به برنج را می¬توان در چهار گروه مختلف طبقه¬بندی کرد؛1) داده¬هایی که به طور حتم آلرژن هستند. 2) داده¬هایی که به طور حتم آلرژن نیستند. 3) داده¬هایی که در یک پایگاه آلرژن محسوب می¬شوند ولی در پایگاه دیگر آلرژن نیستند. 4) داده¬هایی که احتمال آلرژن بودن آن¬ها وجود دارد و نیاز به مطالعه دقیق¬تر و بررسی¬های ساختاری تکمیلی دارند. نتایج کلی نشان می¬دهد علیرغم نسبتا جامع بودن برخی از این پایگاه¬ها، برای حصول نتیجه بهتر در تحقیقات، استفاده از ارزیابی¬های متعدد و الگوریتم¬های متفاوت و تطبیق نتایج حاصل با یکدیگر ضروری است.
منابع مشابه
بررسی تنوع ژنتیکی ارقام و لاین های برنج (Oryza sativa L.) با استفاده از صفات کمی
به منظور تعیین تنوع ژنتیکی بخشی از ژرم پلاسم برنج کشور، تعداد 56 ژنوتیپ شامل ارقام و لاین های برنج، در مزرعه آزمایشی معاونت مؤسسه تحقیقات برنج کشور (آمل) کشت گردید. در این آزمایش 15 صفت زراعی اندازه گیری شد. محاسبات آماری شامل: تجزیه واریانس برای هر صفت، گروه بندی ارقام با استفاده از تجزیه خوشه ای، محاسبه میانگین، انحراف معیار، دامنه تغییرات و ضریب تغییرات انجام گرفت. برای کلیه صفات، ضرایب هم...
متن کاملبررسی شاخص های انتخاب در تعدادی از ژنوتیپ های برنج (Oryza sativa L.)
One of the most important purpose in breeding program is increasing grain yield per hectare. Using selection indices is the most effective methods of selection for simultaneous improvement of grain yield and related traits, which often have a quantitative inheritance. In this study, 29 rice genotypes (9 parents and 20 progenies) were evaluated. The numbers of filled grains in panicle and panicl...
متن کاملارزیابی واکنش لاین های موتانت برنج (Oryza sativa L.) به تنش شوری در مرحلۀ گیاهچه ای
به‌منظور بررسی تأثیر جهشزاهای شیمیایی بر رقم برنج ’طارم محلی‘ در شرایط تنش شوری، بذور رقم برنج ’طارم محلی‘تحت تیمار دو موتاژن شیمیایی اتیل متان سولفونات (14 میلیمولار) و سدیم آزید (2 میلیمولار)، قرار گرفت و در نسل دوم بوتههایی که از نظر صفات مهم اقتصادی مطلوب بودند، انتخاب شدند. گیاهچههای حاصل از این بوتهها در نسل سوم با استفاده از یک آزمایش فاکتوریل دو‌عاملی در قالب طرح پایۀ کاملاً تصادفی...
متن کاملارزیابی تحمل ژنوتیپ های برنج (Oryza sativa L.) به تنش خشکی انتهای فصل
به منظور ارزیابی تحمل ژنوتیپ‌های برنج به تنش خشکی انتهای فصل و شناسایی ژنوتیپ‌های متحمل و حساس به این تنش، 49 ژنوتیپ برنج ایرانی و خارجی در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در دو محیط بدون تنش و تنش خشکی در سال زراعی 1385 در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه گیلان مورد مطالعه قرار گرفتند. صفات مورد مطالعه شامل: ارتفاع بوته، تعداد خوشه در بوته، تعداد دانه پر در خوشه، تعداد خوشه‌چه ...
متن کاملبررسی پایداری عملکرد دانه ژنوتیپ‌های امیدبخش برنج (Oryza sativa L.)
به منظور تعیین پایداری عملکرد دانه و صفات کمی و کیفی هشت لاین امیدبخش برنج به همراه ارقام خزر و نعمت به عنوان شاهد، آزمایشی در سه منطقه گیلان در سال‌های 1376 و 1377 اجرا شد. نوع طرح آزمایشی بلوک‌های کامل تصادفی با چهار تکرار و فاصله بوته 25×25 سانتیمتر بود. نتایج تجزیه واریانس ساده نشان داد که بین ژنوتیپ‌های مختلف از نظر عملکرد دانه اختلاف معنی‌دار وجود داشت. آزمون بارتلت، یکنواختی اشتباهات آز...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023